Большую помощь в многогранной научной и учебной деятельности университета призвана оказывать библиотека – «первая лаборатория вуза» (по выражению академика И. Г. Петровского), так как именно с неё свои первые шаги в вузе начинают студенты.

Научная библиотека СтГМУ открылась одновременно с институтом в 1938 году, единственный сотрудник с первых дней приступил к организации книжного фонда. К сожалению, в архивах не сохранилось его фамилии.

Книжный фонд создавался не только за счет покупки и обмена, книги из своих личных библиотек приносили врачи и ученые, и в 1939 году в библиотеке насчитывалось 1 200 экземпляров научной и учебной литературы. К началу Великой Отечественной войны в библиотеке было 3 000 экземпляров. В сентябре 1941 года эвакуированный в Ставрополь Днепропетровский медицинский институт подарил библиотеке 10 000 экземпляров книг, но в период оккупации книжный фонд библиотеки сильно пострадал.

После освобождения Ставрополя с возобновлением деятельности института постепенно восстанавливалась и библиотека. В послевоенный период основной её задачей было комплектование фонда для обеспечения учебной и научной литературой студентов и преподавателей. В 1946 году в библиотеке работало 5 человек: М. Н. Чернявская, Е. Я. Ивайкова, Т. И. Статутова, П. Ф. Бузыканова, В. П. Новикова. С 1945 по 1950 гг. возглавляла библиотеку Мария Николаевна Чернявская.

Именно эти люди стояли у истоков возрождения и развития библиотеки. Они снова почти с нуля начали комплектовать книжный фонд, который быстро пополнялся не только современной литературой, но и изданиями предыдущих лет, в том числе редкими, благодаря самоотверженной и неутомимой работе библиотекарей и помощи научных сотрудников института. К 1955 году фонд библиотеки составлял 88 000 экземпляров.

В это же время в библиотеке создается справочно-поисковый аппарат: алфавитный и систематический каталоги, тематические картотеки, что существенно облегчает читателям поиск литературы.

С 1950 по 1967 год заведовала библиотекой Вера Тимофеевна Новикова, проявившая много энергии в развитии библиотечного дела и качественного обслуживания читателей. В это время в библиотеке также трудилась энтузиаст своего дела Бэлла Исааковна Готлиб, многие годы отдавшая работе с читателями, человек с энциклопедическими знаниями.

До 1961 года библиотека располагалась всего на 300 м2, а с 1961 г. её площадь увеличилась в 2,5 раза, и к 1965 году фонд библиотеки уже насчитывал 160 тыс. экземпляров. Кроме отделов обслуживания, в библиотеке выделились отдел комплектования и научной обработки и справочно-библиографический отдел (одним из первых библиографов в библиотеке была Раиса Васильевна Волвенкина). В это время число читателей стало свыше 2 тысяч, и соответственно коллектив библиотеки увеличился до 12 человек.

В 60-е годы в библиотеке налаживается библиографическая работа, расширяется справочно-поисковый аппарат, организуются предметный каталог, «Архив выполненных справок», картотека научных трудов сотрудников института.

С 1968 по 1984 год заведовала библиотекой Валентина Васильевна Векслер, которая внесла большой вклад в её дальнейшее развитие. Особенно активизировалась деятельность библиотеки в 1970-80-е гг. Ежегодно приобреталось около 20 тыс. новых изданий. Библиотека стала получать валютные издания иностранной периодики, в том числе «Index Medicus», большое количество реферативных журналов.

В этот период серьезное внимание обращается на научно-библиографическую работу, которую координирует библиографический отдел. Основными направлениями стали выдачи справок в режиме «запрос-ответ», составление библиографических указателей и рекомендательных картотек. Появились новые формы работы с читателями: дни информации, дни кафедр, дни специалиста, семинары «Первая сессия» для первокурсников; проводилась большая массовая работа совместно с кураторами групп, студпрофкомом; организовывались театрализованные литературные вечера. Одной из первых в городе библиотека в 1975 году внедрила в свою работу «День кафедры», на котором решаются вопросы совместной работы кафедры и библиотеки.

Коллектив библиотеки неоднократно награждался Почетными грамотами, в 1982 г. занял первое место в конкурсе молодых библиотекарей среди библиотек вузов города.

С 1984 по 1988 гг. была заведующей Майя Семеновна Герасимова, и в 1987 г. библиотека заняла почётное третье место во Всесоюзном смотре-конкурсе библиотек медицинских институтов.

С 1988 г. по 1990 г. руководила библиотекой Галина Акимовна Шаталова, а с 1990 по 2010 гг. – Ольга Васильевна Михаль. В 1990 г. создан проект нового здания библиотеки и 1 сентября 2007 г. новая библиотека распахнула свои двери для читателей.

Библиотека занимает три этажа, общая площадь которых составляет 2 460 кв. м. Функционируют 2 абонемента: научный и учебный, общий читальный зал на 80 посадочных мест, электронный читальный зал на 10 автоматизированных рабочих мест, кроме того, здесь же находятся 15 читательских мест для групповых занятий. В электронном читальном зале к услугам пользователей выход в Интернет, доступ к электронному каталогу, электронным библиотечным системам, с которыми вуз заключает договоры. В распоряжении сотрудников библиотеки находятся 23 автоматизированных рабочих места. В общежитии № 4 расположен филиал библиотеки с 1 автоматизированным рабочим местом и читальным залом. Библиотека СтГМУ непрерывно развивается, растёт её книжный фонд, изменяются формы работы, совершенствуются методы обслуживания читателей.

С 2010 г. научную библиотеку возглавила Татьяна Владимировна Шаталова. Сейчас фонд библиотеки насчитывает около 400 тыс. единиц хранения, ежегодно библиотека обслуживает около 8 000 читателей, которым выдается больше 600 тыс. экземпляров учебной, научной, художественной литературы.

К услугам читателей самый богатый в крае фонд отечественных медицинских периодических изданий.

Библиотека является единственной в крае крупной медицинской библиотекой и частично выполняет функции краевой медицинской библиотеки (которой в крае нет, в отличие от других регионов), обслуживая не только читателей, работающих или обучающихся в университете, но и всех врачей города и края.

Эффективность работы библиотеки зависит от понимания и поддержки каждым сотрудником коллектива новых идей и программ. Штат библиотеки состоит из 24 сотрудников. Это высококвалифицированные специалисты, энтузиасты своего дела, много лет и сил отдающие библиотечной профессии.